Với những biện pháp hành chính quỷ quyệt, những thủ đoạn chính trị tàn ác và các chủ trương văn hoá gian hiểm, trong chín năm trời, chế độ Diệm đã tìm mọi phương cách để tiêu diệt dần dần lực lượng và ảnh hưởng Phật giáo Việt nam theo kế hoạch tằm ăn dâu. Đến những năm 1962, 1963, chế độ Diệm lại có thêm chương trình ấp chiến lược mà họ thêm tin tưởng vừa có thể chiến thắng được Cộng sản, lại vừa có thể Công giáo hoá toàn dân nông thôn. Chiếm được nông thôn là chiếm được địa bàn căn bản và lâu đời nhất của Phật giáo Việt nam, họ sẽ bao vây Phật giáo, cô lập Phật giáo trong các chùa chiền, các đô thị và Phật giáo sẽ như cá trong ao khô hồ cạn, không còn nước nữa để bơi lội vẫy vùng.
Nếu anh em Ngô Đình Diệm kiên nhẫn dùng kế hoạch trên thì có lẽ biến cố Phật giáo năm 1963 đã chưa xảy ra vì một lý do rất dễ hiểu là mặc dù nỗi thống khổ của Phật tử đã đến cùng cực nhưng Phật tứ vẫn cắn răng chịu đựng. Nhưng mưu sự tại nhân mà thành sự tại thiên, nhà Ngô đi ngược lòng dân và đi ngược ý trời nên mới lấy quyết định cấm treo cờ Phật giáo nhân ngày lễ Phật Đản, một quyết định ban đầu nhà Ngô tưởng là không mang lại hiệu quả đáng kể nhưng thật sự lại đưa chế độ Diệm vào đường cùng. Với những người tin vào thuyết lý số và thuyết âm đức thì năm 1963 đúng là năm chót trong cái đại vận “Phát giả như lôi” thụ hưởng phú quý tột đỉnh của anh em nhà Ngô để bước vào chu kỳ "Tán gia bại quốc" mang lại nhục nhã cho dòng họ.
Thật thế, nếu Ngô Đình Thục còn ở Vĩnh Long thì có lẽ vụ cấm treo cờ Phật giáo đã chưa xảy ra không ngờ Toà thánh La mã dưới trĩu đại Giáo Hoàng Paul 6 lại thuyên chuyển Ngô Đình Thục ra giáo phận Huế, nơi mà đại đa số dân chúng đều theo đạo Phật, nên nhà Ngô mới bị sa lầy sớm. Đổi Ngô Đình Thục ra Huế, Toà thánh La mã chỉ muốn Thục, vốn đã làm cho Giáo hội chịu nhiều tai tiếng xấu xa trong cộng đồng thế giới phải xa lánh thủ đô, xa tai mắt ngoại giao đoàn, xa ký giả quốc tế và xa khối trí thức Việt nam đông đảo tại Sài gòn, không ngờ các hảo ý của Toà thánh La mã lại biến thành cái đại hoạ cho nhà Ngô.
Tất cả bắt đầu vào ngày 6-5-1963 khi Tổng giám mục Ngô Đình Thục đi thăm nhà thờ La Vang. Dọc đường, đâu đâu Thục cũng thấy cờ Phật giáo tung bay khắp thị thành thôn xóm để chào mừng Phật Đản trong hai ngày nữa. Cờ Phật mà còn nhiều thì cái mộng Hồng y của Thục khó sớm thành sự thực vì đã nhiều lần Thục lỡ phúc trình với Toà thánh là dân Việt nam ngày càng cải đạo, càng hướng về Giáo hội La mã. Nhưng thực tế hôm đó hiện diện trước mắt là cờ Phật giáo tràn ngập khắp nơi đã làm cho Thục giận lắm nên khi trở về Huế, Thục cho gọi Đại biểu Chính phủ Trung phần là Hồ Đắc Thương đến Toà giám mục để Thục khiển trách rồi gọi điện thoại viễn liên vào Sài gòn báo cho em là Tổng thống Diệm biết tình hình, và đặc biệt nhấn mạnh đến sự kiện Phật tử cũng như các chùa đã không tuân theo luật lệ quy định thể thức treo cờ của chính phủ. Theo luật lệ treo cờ của chính phủ Diệm, cờ tôn giáo không được treo ngoài khuôn viên chùa chiền, nhà thờ hoặc các cơ sở tôn giáo... Khốn nỗi thể lệ treo cờ của chính phủ đã được ban hành từ lâu mà không một tôn giáo nào tuân theo, nhất là chính tôn giáo của ông Tổng thống đã nêu gương vô kỷ luật trước hết và nhiều nhất. Hơn nữa, năm ngoái, năm 1962, Phật giáo cũng treo cờ như năm nay mà không thấy chính phủ khuyến cáo gì cả. Tôi còn nhớ năm 1959, từ ngày 16 đến 18 tháng 2, tại thủ đô Sài gòn và khắp cả nước, Giáo hội công giáo Việt nam tổ chức đại hội Thánh Mẫu và lễ nâng nhà thờ Đức Bà Sài gòn lên hàng Vương Cung thánh đường vô cùng trọng thể dưới quyền chủ toạ của Hồng y Agagianan (đại diện Toà thánh La mã). Cờ Toà thánh và ảnh tượng Đức Mẹ trưng bày khắp thủ đô, tràn ngập cả công viên trước dinh Độc lập từ đường Công Lý đến tận Sở Thú. Ngày 17 tháng 8 năm 1961 tại La Vang, nhân dịp kỷ niệm lễ Đức Mẹ hiện ra cách đây 160 năm và khánh thành Vương Cung thánh đường La Vang, những khải hoàn môn trưng bày ảnh tượng Đức Mẹ và cờ Công giáo kéo dài từ thành phố Huế đến thành phế Quảng Trị dọc theo Quốc lộ một.
Rồi đến lễ khánh thành ngôi nhà thờ Huế do Ngô Đình Thục xây cất, và tiếp theo là lễ Ngân khánh của Ngô Đình Thục, cờ Công giáo lại tràn ngập cả thành phố Huế, nhất là về phía hữu ngạn sông Hương. Dân cả nước ai lại không thấy rằng hễ mỗi lần Công giáo có lễ lạt là cờ Công giáo treo ra ngoài khuôn viên nhà thờ, trên đường phố công cộng và nhiều khi trên cả các cơ sở quốc gia. Dưới chế độ Diệm, trong mỗi doanh trại quân đội đều có nhà thờ mà hễ đến ngày lễ Noel là cờ Công giáo treo khắp doanh trại, trước cổng trại lại có cả khải hoàn môn. Dân chúng làm sao quên được hình ảnh những vùng như Hố Nai, Gia Kiệm, Ngã Ba ông Tạ, Ngã Ba Chú ía, chung quanh Lăng Cha Cả, cả những vườn hoa, những đại lộ trước toà Đô chính Sài gòn tràn ngập ảnh tượng và cờ Công giáo trong những ngày lễ Giáng Sinh. Chính vì Công giáo đã đầu tiên và liên tục đạp lên trên luật lệ treo cờ của chính phủ đến nỗi sau vụ cờ Phật giáo tại Huế, ngày 15 tháng 5 năm 1963, Giám mục Nguyễn Văn Bình đã phải ra thông báo nhắc nhở giáo dân: "Cờ của Toà thánh Vatican chỉ được treo trong nhà thờ hoặc những cơ sở của Hội Thánh".
Người Công giáo trắng trợn vi phạm luật treo cờ thì anh em ông Diệm chẳng những không bao giờ đả động đến mà còn lấy làm sung sướng vì sự ưu thế có tính cách hình thức đó, thế mà năm 1963, Phật tử treo cờ nhân ngày Phật Đản thì Ngô Đình Thục tức giận đặt vấn đề thể lệ treo cờ.
Sau khi nghe ông anh phiền trách việc Phật kỳ tung bay khắp nơi, ông Diệm nổi nóng gọi ngay Đổng lý Văn phòng là ông Quách Tòng Đức (hiện ở Pháp) bảo đánh điện cho toà Đại biểu Chánh phủ tại Huế và khắp các tỉnh ra lệnh phải hạ cờ Phật giáo. Một lần nữa, quyết định này cho ta thấy anh em nhà Ngô rõ ràng thiếu ý thức chính trị vì đã không đánh giá được bản chất và hệ quả của một quyết định liên hệ đến một nhân văn rất tế nhị, nhất là tại một địa phương như Thừa Thiên; và không có khả năng lãnh đạo quốc gia vì đã không nắm vững được giá trị của quyết định trên cả hai mặt hành chính pháp lý và thực trạng xã hội. Hai mươi bốn tiếng đồng hồ sau đó, ngày 7 tháng 5, trong lúc dân chúng Huế và Thừa Thiên sửa soạn làm lễ Phật Đản thì cảnh sát đến tận nhà buộc dân chúng phải hạ cờ Phật giáo. Trước biện pháp bất công và bất minh đó của chính quyền, vài ngàn Phật tử bèn tự động tổ chức kéo tới toà Tỉnh trưởng Thừa Thiên và yêu cầu Tỉnh trưởng Nguyễn Văn Đăng can thiệp để Phật kỳ khỏi bị hạ. Tỉnh trưởng giải thích “đã có sự hiểu lầm của cấp trên", rồi ra lệnh cho treo Phật kỳ trở lại nên dân chúng tự động giải tán ra về. Sở dĩ có biện pháp đó là Tỉnh trưởng Nguyễn Văn Đăng đã gặp Ngô Đình Cẩn và được Cẩn ra lệnh “Phật tử đã lỡ treo cờ rồi thì cứ để cho họ treo”. Vấn đề đặt ra là tại sao một người đã làm đến Tổng giám mục như Ngô Đình Thục, tại sao một người đã làm đến Thượng thư Bộ Lại rồi làm đến Tổng thống như Ngô Đình Diệm mà lại sai lầm một cách tuy ấu trĩ nhưng lại trầm trọng đến thế? Câu trả lời dĩ nhiên nằm trong cái liên hệ sống chết và cốt tuỷ quá chặt chẽ giữa dòng họ Ngô Đình với Hội truyền giáo hải ngoại Pháp, vì anh em nhà Ngô đã được đào tạo và nuôi dưỡng bởi một Giáo hội có quá nhiều cấp lãnh đạo coi “chấp ngã" như một tôn chỉ bất di bất dịch, là một phần của cái bản ngã có tính thiên hựu, chỉ thấy cái Ta đúng, ngoài Ta ra tất cả đều sai lầm. Sử liệu đã cho ta vô số sự kiện nói về bệnh chấp ngã của Toà thánh La mã. Ở đây, ta hãy nghe một lời dẫn chứng của học giả Merle Sever trong bài The World of Luther: Toà thánh La mã đòi hỏi một sự phục tùng bất khả tư nghị. "Tôi sẽ phải tin rằng vật màu trắng mà tôi thấy là màu đen, nếu Giáo hội quyết định đó là màu đen”. Ông Ignatius Loyala, sáng lập dòng Jesuite đã nói như thế. Giáo hoàng Paul IV cũng xác định rằng: “Ngay nếu cả cha ruột tôi là người phản đạo tôi cũng se đi lượm củi để đốt ông ta”. Và đặc biệt trên tương quan thế quyền và giáo quyền, để chính xác áp dụng cho trường hợp của anh em ông Diệm, ta hãy nghe giáo sư Malachi Marin, một vị tu xuất dòng Jesuite, viết về niềm tin giáo điều sắt đá của Giáo Hoàng Leo III: "Xác định một cách công khai rằng tất cả các quyền lực chính trị trên thế gian này yêu do Chúa ban cho; và chỉ được ban cho cá nhân nào hay chính phủ nào qua trung gian của vị đại diện Đức Chúa Trời vốn là vị Hồng y La mã, mà cũng là kẻ kế vị thánh Pherô".
Cho nên mù quáng trước điều mà họ cho là chân lý bất di bất dịch đó, rồi lại riêng cá nhân Thục mang tham vọng trở thành Hồng y, anh em ông Diệm chỉ thấy khi cờ Phật giáo treo không đúng với thể lệ nhà nước là một hành động thách thức chân lý đó mà không cần biết đến chính tôn giáo của mình và chính Tổng giám mục Ngô Đình Thục đã vi phạm trắng trợn luật treo cờ từ chín năm nay rồi.
Ngày 8 tháng 5, các chùa tại Huế cứ hành lễ Phật Đản và rước Phật trọng thể từ chùa Từ Đàm qua chùa Diệu Đế. Sau lễ Phật, trong bài thuyết pháp, Thượng toạ Trí Quang đề cập đến chủ trương kỳ thị của chính quyền nhằm đàn áp Phật giáo từ 9 năm qua, nay lại ra lệnh cấm treo cờ tôn giáo, rõ ràng nhắm riêng vào Phật giáo. Thượng toạ Trí Quang cũng có nhắm đến cờ Công giáo treo khắp đường phố vào các dịp lễ sao không cấm mà lại cấm đúng vào ngày Phật Đản. Nhiều đoàn thể Phật tử yêu cầu chính quyền cho phát thanh lại bài thuyết pháp của Thượng toạ Trí Quang, nhưng Giám đốc Đài phát thanh Huế là ông Ngô Ganh, một công giáo Cần lao, không chịu nên vài ngàn Phật tử kéo đến đài để trực tiếp yêu cầu. Phó Tỉnh trưởng Nội an là thiếu tá Đặng Sĩ, một “Cần lao công giáo” khác, cũng huy động lính Bảo an và cả thiết giáp tới để thị uy.
Không ngờ trong lúc Tỉnh trưởng Nguyễn Văn Đăng, ông Ngô Ganh và Thượng toạ Trí Quang đang thảo luận để tìm một giải pháp dung hoà thì nhiều tiếng súng và một quả lựu đạn phát nổ làm cho 7 thường dân chết, 5 binh sĩ và một thường dân bị thương. Máu đã đổ, cuộc tranh đấu của Phật giáo Việt nam bắt đầu, biến cố Phật giáo mùa hè năm 1963 phát động từ đó.
Tôi cần phải nói rõ và nói lớn ở đây rằng cuộc đấu tranh của Phật giáo tuy phát động từ sự kiện treo cờ nhưng nguyên uỷ thật sự, động cơ sâu sắc của nó thật ra đã xuất hiện từ lâu, từ khi anh em ông Diệm tiến hành chính sách tiêu diệt các tôn giáo khác cho Thiên chúa giáo được ngôi vị độc tôn trong đời sống tâm linh và tín ngưỡng của người Việt.
Sau vụ đàn áp Phật tử tại Đài phát thanh Huế, tăng ni, Phật tử họp tại chùa Từ Đàm đưa ra năm nguyện vọng để xin chính phủ giải quyết:
1) Xin chính thức rút lại lệnh cấm treo cờ.
2) Xin được tự do hành đạo như Thiên Chúa giáo.
3) Xin bãi bỏ dụ số 10 xem Phật giáo như là hiệp hội.
4) Xin chấm dứt các vụ khủng bố, đàn áp Phật giáo.
5) Xin bồi thường cho các nạn nhân tại Đài phát thanh Huế, và trừng trị kẻ đã gây ra đổ máu.
Nguyện vọng gởi đi đã 8 ngày mà chính phủ vẫn không hồi âm, đã thế còn ra thông cáo bảo rằng thủ phạm ném lựu đạn là một tên Việt cộng dù không đưa ra được bằng chứng cụ thể nào. Năm nguyện vọng đó rõ ràng chỉ nhằm vào một mục tiêu rất chính đáng và hợp pháp là công bằng xã hội (điều 2, 4 và 5) và chấm dứt chủ trương đàn áp tôn giáo của thực dân Pháp để lại (điều 1 và 3).
Nhận thấy rằng Tổng thống Diệm không có một chút thiện chí nào, tăng tín đồ Phật giáo ngày 10 tháng 5 năm 1963 công bố bản Tuyên ngôn để minh định lập trường và xác định lại những nguyện vọng của mình. Ngày 16 tháng 5, Phật giáo mở một cuộc họp báo tại chùa Xá Lợi có bộ trưởng Công dân Vụ Ngô Trọng Hiếu tham dự, để trình bày năm nguyện vọng và nói rõ thái độ của Tổng thống Diệm trong cuộc hội kiến hôm qua tại dinh Gia Long. Trong cuộc họp báo này, ông Ngô Trọng Hiếu chỉ lặp đi lặp lại một lối giải thích: Tổng thống Diệm chỉ muốn cho “quốc kỳ được tôn trọng” mà không hề đề cập đến những nguyện vọng của Phật giáo.
Ngày 23 tháng 5, trước những đánh phá độc hại của bộ máy thông tin của chính quyền với luận điệu cho rằng cuộc đấu tranh của Phật giáo đổ là do Cộng sản điều động và chỉ làm lợi cho Việt cộng, Phật giáo cho phổ biến bản Tuyên ngôn thứ nhì với một bản phụ đính xác định rất rõ ràng vị thế nạn nhân của Phật giáo trong những thủ đoạn tuyên truyền của chính phủ. Ba tuần lễ trôi qua, chính phủ vẫn quyết liệt giữ lập trường cũ và ra thông tư xác nhận quan điểm về vấn đề tôn giáo là "không kỳ thị, tôn trọng tự do tín ngưởng, chỉ huy định việc treo cờ vì tôn trọng quốc kỳ", thông tư cũng không hề đả động đến năm nguyện vọng chính đáng và khiêm tốn của Phật giáo. Trong lúc đó thì ngày 29 tháng 5, lực lượng an ninh vẫn siết chặt vòng đai ở chùa Từ Đàm, nơi mà sinh viên và Phật tử thường tụ hợp đông đảo để ủng hộ cho những đòi hỏi của Phật giáo. Đồng thời chính quyền cho cắt điện và nước ở ngôi chùa này.
Trước thái độ ngoan cố của chính phủ, ngày 30 tháng 5, Phật giáo tổ chức lễ cầu siêu cho các nạn nhân tại chùa Xá Lợi và chùa ân Quang, các tăng ni và Phật tứ tuyệt thực 48 giờ, đồng thời 300 tăng ni biểu tình trước Quốc hội với những khẩu hiệu yêu cầu của chính phủ thoả mãn năm nguyện vọng của Phật giáo.
Thấy tình hình đã bắt đầu căng thẳng, ngày 1 tháng 6, chính phủ Diệm thay đại biểu Trung phần Hồ Đắc Thương, Tỉnh trưởng Thừa Thiên Nguyễn Văn Đáng, là những người mà chính phủ cho là nhu nhược, bằng các ông Nguyễn Xuân Thượng (nguyên Tổng giám đốc điền địa) và thiếu tá Nguyễn Mâu (Cần lao công giáo) để hai nhân vật này hành động quyết liệt hơn trong việc đàn áp Phật giáo. Chính phủ cũng triệu hồi thiếu tá Đặng Sĩ về Bộ Nội vụ “để chờ lệnh”.
Trước tình hình nghiêm trọng đó, Bác sĩ Trần Kim Tuyến, dù lúc này đã bị thất sủng không còn quyền hành ảnh hưởng gì nữa, nhưng phần vì ông quen biết nhiều trong giới Phật giáo như Thượng toạ Tâm Châu, các cư sĩ Phật giáo người Bắc di cư, cụ Mai Thọ Truyền (vốn là chuyên viên Phủ Tổng thống) phần vì muốn hoà giải thật sự giữa chính phủ và Phật giáo nên ông đưa ra sáng kiến thành lập Uỷ ban cao cấp của hai bên để thảo luận hầu giải quyết mọi vấn đề. Do đó bên chính phủ thành lập Uỷ ban Liên Bộ, và bên Phật giáo hình thành Uỷ ban liên phái có tư cách đại diện chính thức và có thẩm quyền thương nghị. Uỷ ban Liên Bộ có Phó tổng thống Nguyễn Ngọc Thơ và các ông Bộ trưởng Nội vụ Bùi Văn Lương, Bộ trưởng Quốc phòng Nguyễn Đình Thuần. Còn Uỷ ban liên phái do Thượng toạ Tâm Châu cầm đầu với các Thượng toạ Thiệu Hoa, Thiện Minh, Huyền Quang và Đại Đức Thích Đức Nghiệp. (Sáng kiến của Bác sĩ Tuyến được Bộ trưởng Nguyễn Đình Thuần trình cho hai ông Diệm-Nhu). Trong khi hai Uỷ ban đang tiến hành những buổi hợp thì lực lượng an ninh vẫn bao vây chùa chiền và gia tăng các biện pháp cắt điện, cắt nước tại các chùa lởn ở Huế và Đà Nẵng. Riêng tại chùa Tỉnh Hội Nha Trang, cảnh sát và công an còn chăng kẽm gai chặn đường các Phật tử vào chùa và cản trở việc đi lại của các tăng ni từ Sài gòn về các tỉnh và ngược lại. Cho đến ngày 7 tháng 6, Uỷ ban Liên bộ mới công nhận sự kiện thiếu nghiêm chỉnh đó và gởi văn thư trả lời cho Uỷ ban Liên phái là đã cho cấp lại điện nước và quân đội không chặn đường vào chùa nữa. Tất cả những văn thư của hai Uỷ ban đều có đăng tải trên báo Việt ngữ tại Sài gòn.
Nhưng dù có văn thư chính thức của Uỷ ban Liên bộ, những hành động chống phá Phật giáo vẫn tiếp tục xảy ra tại các địa phương và ngay giữa thủ đô Sài gòn. Độc hại hơn nữa, chính quyền đã cho một số công an và cảnh sát cạo đầu, giả vờ mặc áo nâu hay áo lam của tăng sĩ để ra chợ chọc gái, ăn thịt, uống rượu, mua hàng không chịu trả tiền... nhằm mục đích bôi lọ các nhà sư và xuyên tạc cuộc đấu tranh của Phật giáo.
Để đối phó với thái độ phá hoại đó của chính quyền, Phật giáo đành phải lấy những hành động hy sinh quyết liệt hơn mong cảnh tỉnh chính phủ để khai thông đâu óc giáo điều của cấp lãnh đạo chính phủ. Ngày 11 tháng 6 năm 1963, trước vài trăm tăng ni tụ họp tại ngã tư Lê Văn Duyệt và Phan Đình Phùng, Sài gòn, Hoà thượng Thích Quảng Đức đã tự thiêu, hy sinh nhục thể để hiến mình cho chánh pháp. Người ta thấy Hoà thượng từ trong một chiếc xe bước ra và từ từ tiến tới đám đất trống quì xuống, hai tay chấp trước ngực, miệng khoan thai tụng niệm. Một nhà sư trẻ khác xách một thùng xăng tưới và thân thể Ngài. Hoà thượng châm lửa đốt. Lửa đỏ bốc lên cao nhưng Hoà thượng vẫn ngồi trong tư thế kiết già cho đến khi ngọn lửa bao trùm lấy thân thể. Ngài mới té nghiêng mà hai tay vẫn chắp vào nhau trong sự biểu hiện của Từ Bi, Trí Tuệ và Đại Hùng. Sự hy sinh cao cả của Hoà thượng Thích Quảng Đức, sự hy sinh mà suốt chiều dài lịch sử hai ngàn năm của Phật giáo, lần đầu tiên mới xảy ra đã làm chấn động tâm thức của dân tộc:
Lửa! Lửa cháy ngất toà sen!
Tám chín phương nhục thể trần tâm
hiện thành thơ quì cả xuống
Hai vầng sáng rưng rưng
Đông Tây nhòe lệ ngọc
Chắp tay đón một Mặt Trời Mới Mọc
ánh đạo vàng phơi phới đang bùng lên, dâng lên.
Thương chúng sinh trầm luân bể khổ
Người về phăng đêm tối đất dày
Bước ra ngồi nhập định hướng về Tây
Gọi hết lửa vào xương da bỏ ngỏ
Phật giáo chẳng rời tay...
(Trích từ "Lửa Từ Bi của Vũ Hoàng Chương, sáng tác để tưởng niệm Hoà thượng Thích Quảng Đức).
Anh em Ngô Đình Diệm và những kẻ chỉ biết dùng bạo lực để đối phó với tình thương đã không biết hoặc không thèm để ý đến nghĩa cao đẹp và mục tiêu vị tha đó nên sự hy sinh cao quý của Hoà thượng Thích Quảng Đức đã bị chính quyền Ngô Đình Diệm đánh giá như một sự khiêu khích mà thôi.
Trên mặt quần chúng, ngọn lửa tự thiêu của Hoà thượng Quảng Đức đã thúc đẩy thêm ngọn lửa chống đối chế độ Cần lao công giáo. Tổng thống Diệm vội vã gởi thông điệp kêu gọi dân chúng bình tĩnh, trong đó có câu: Mọi sự khó khăn sẽ được giải quyết trên "căn bản lương tri và ái quốc, trong tình đoàn kết huynh đệ. Không nên tin có âm mưu trì hoãn giải quyết các vấn đề sau lưng Phật giáo trong nước hãy còn Hiến pháp, nghĩa là có tôi".
Sau khi thông điệp của Tổng thống được công bố vào ngày 14-6-1963, hai Uỷ ban liên bộ và liên phái lại tái họp tại Hội trường Diên Hồng. Cũng ngày ấy, Hội đồng tướng lĩnh ra thông báo kêu gọi "đoàn kết, bình tĩnh, tránh sự hiểu lầm, đặt quyền lợi quốc gia trên hết, và mong các vấn đề được giải quyết trong tình huynh đệ.
Ngày 16-6-1963, để tìm hậu thuẫn của công luận khách quan của thế giới và để bảo đảm thêm sự an toàn của cuộc đấu tranh, gần 200 tăng ni đã tập họp biểu tình trước Toà đại sứ Hoa kỳ yêu cầu ủng hộ Phật giáo đạt được năm nguyện vọng. Đồng thời, độ ba ngàn đồng bào đến chùa Giác Minh để dự tang lễ Hoà thượng Quảng Đức, nhưng đám tang đã phải dời lại vì bị cảnh sát dã chiến dùng lựu đạn cay giải tán. Sự xô xát này gây cho cảnh sát bị thương 12 người và dân chúng bị bắt 251 người. Cũng cùng ngày, hai Uỷ ban liên bộ và liên phái, sau ba ngày đêm thảo luận, đã hình thành một bản thông cáo chung xác định những điểm đã thoả thuận về cách thức treo Quốc kỳ và Phật kỳ, xét lại dụ số 10 về quy chế tôn giáo, điều tra các vụ bắt bớ và khoan hồng với những người tranh đấu cho Phật giáo, dành mọi dễ dàng cho các hoạt động tôn giáo, trừng trị nhân viên có lỗi, bồi thường cho các nạn nhân. Bản thông cáo này có mang chữ ký và triện của Tổng thống Diệm.
Sau bản thông cáo chung đó, để chứng tỏ thiện chí hoà hợp với chính phủ, Uỷ ban liên phái bèn quyết đính hạn chế số người tham dự đám tang Hoà thượng Quảng Đức chỉ còn 300 tăng ni và các nhà báo mà thôi để tránh sự tụ họp quá đông đảo của quần chúng, là cơ hội cho những phần tử phá hoại hoặc đặc công Việt cộng lợi dụng xách động. Do đó tang lễ của Hoà thượng Quảng Đức đã được cử hành một cách tranh trọng trong trật tự, không có một đụng độ nào giữa nhân viên công lực và dân chúng. Sau khi nhục thể của Hoà thượng được hoả thiêu tại lò An Dưỡng Địa Phú Lâm, Xá Lợi của Ngài được đựng trong bình mang về thờ ở chùa Xá Lợi.
Rõ ràng là với sự hình thành của bản thông cáo chung và hình thức trang nghiêm giản dị của tang lễ Hoà thượng Quảng Đức, Phật giáo đủ để xác định một thái độ chính trị, nếu gọi đó là chính trị, rất minh bạch và hợp lý.
Với thiện chí của Uỷ ban liên phái, nếu chính phủ quả thật muốn giải quyết vấn đề Phật giáo theo tinh thần “huynh đệ” thì chỉ cần chính phủ thi hành ngay những điều khoản trong thông cáo chung, những điều khoản đơn giản, hợp pháp, chính đáng, mà với tư cách một Tổng thống đã được Quốc hội uỷ cho toàn quyền hành động, có thể giải quyết ngay vụ Phật giáo trong một ngày là xong.
Khốn nỗi thông cáo chung ra đời ngày 16-6-1963 mà mãi đến 28 tháng 6, nghĩa là 12 ngày sau, Phó tổng thống Nguyễn Ngọc Thơ mới thông báo cho Uỷ ban liên phái biết rằng: "Bộ nội vụ sẽ ra nghị định về việc treo cờ, dụ số 10 sẽ được áp dụng “linh động”, một số sinh viên và Phật tử đã bị bắt sẽ được thả nhưng có một số sinh viên phải ra Toà, chỉ Bộ Nội vụ mới được quyền kiểm tra các chùa chiền, hồ sơ tạo mãi sẽ được xét mau lẹ, việc bồi thường các nạn nhân phải đợi điều tra”.
Nội dung bức thư đã nói lên một cách dứt khoát thái độ của chính phủ không muốn thi hành thông cáo chung: tại sao dụ số 10 lại được áp dụng một cách “linh động”?, tại sao chưa chịu bồi thường cho các nạn nhân mà còn phải đợi điều tra?, tại sao không nói đến trường hợp của thiếu tá Đặng Sĩ, người đã gây ra vụ đổ máu ở đài phát thanh Huế? tại sao chính phủ chỉ lo thể lệ treo cờ, lo kiểm tra chùa chiền còn những nguyện vọng căn bản và hành đạo của Phật giáo lại không được thoả mãn? Trong lúc đó bà Ngô Đình Nhu lặp đi lặp lại nhiều lần lời tuyên bố vỗ tay hoan nghênh các vụ tự thiêu mà bà ta gọi là những vụ nướng thịt" (barbecue) và "nếu ai còn muốn tự thiêu mà thiếu dầu xăng thì tôi sẽ cho". Sau văn thư của Phó tổng thống Nguyễn Ngọc Thơ lộ rõ âm mưa trì hoãn việc thi hành Thông cáo chung lại đến những thủ đoạn của chính quyền muốn tiêu diệt lực lượng Phật giáo Việt nam mà lúc bấy giờ Uỷ ban liên phái đang là đại diện. Một trong những thủ đoạn đó là xuyên tạc tính chất đại diện chính thức và chính đáng của Uỷ ban liên phái. Ngày 20-6-1963, nghĩa là mười ngày sau khi thông cáo chung ra đời, chính phủ tập hợp các tăng sĩ thuộc phái Cổ Sơn Môn tại Phú Thọ Hoà dưới quyền chủ toạ của Bộ trưởng Bộ Nội Vụ Bùi Văn Lương để lập kiến nghị ủng hộ chính phủ và đặc biệt đánh điện qua Tích Lan yêu cầu Giáo hội Phật giáo Thế Giới "can thiệp và ngăn cản” cuộc đấu tranh của Phật giáo Việt nam. Đồng thời cũng được phối hợp trong ngày hôm đó, Ngô Đình Nhu và Cao Xuân Vỹ huy động Thanh niên cộng hoà tổ chức một cuộc biểu tình có cảnh sát hộ tống, yêu cầu Tổng thống Diệm duyệt lại bản thông cáo chung. Ngày 26-6 Thượng toạ Thiện Minh gởi văn thư lên chính phủ phản đối sự kiện “bản Thông cáo chung không được thi hành và chính quyền đã có những hành động, những âm mưu không muốn thoả hiệp”. Tại miền Trung, các chính quyền địa phương vẫn tổ chức mít tinh lên án Phật giáo vẫn cản trở việc đi lại của các tăng ni, vẫn phong toả chùa chiền"...
Trong lúc cuộc tranh chấp đang đi vào giai đoạn căng thẳng vì thái độ ngoan cố của chính quyền và nhất là vì các thành phần khác của dân tộc, ý thức được tính cách liên đới ruột thịt với Phật giáo dở dang chống bạo quyền nên đã công khai và đông đảo ủng hộ, thì ngày 5 tháng 7, chính phủ Diệm lại phạm thêm một lỗi lầm chính trị lớn khác bằng quyết định đem 19 quân nhân và 34 nhân sĩ của vụ "phản loạn Nhảy dù 11-11-60" ra xét xử tại Toà án quân sự đặc biệt Sài gòn. Quyết định của anh em ông Diệm nhằm vào thời điểm đặc biệt để phát xuất từ tính chủ quan mù quáng tưởng có thể dùng vụ án như một hình thức cảnh cáo để hăm doạ trí thức, sinh viên và đảng phái đang mỗi ngày một đông đảo ủng hộ cuộc đấu tranh của Phật giáo. Từ đó, vấn đề đang được giới hạn trong một tôn giáo và những qui chế đặc thù có tính xã hội bỗng trở thành một cuộc khủng hoảng của tính chính trị và liên hệ đến mọi thành phần khác của đại khối dân tộc.
Ngày 7 tháng 7, trong lúc dinh Gia Long đang hân hoan yến tiệc kỷ niệm “Song Thất” thì trong một căn phòng cô đơn của Thủ đô Sài gòn nhà văn Nhất Linh Nguyễn Tường Tam uống độc dược để kết liễu đời mình với lời di chúc sang sảng hào hùng như bản án kết tội phản quốc của chế độ Ngô Đình Diệm: Đời tôi để lịch sử xử. Tôi không chịu để ai xử cả. Sự việc đem các đảng phái quốc gia đối lập ra xét xử là một trọng tội với quốc gia, chỉ đưa đất nước rơi vào tay Cộng sản. Vì thế tôi tự huỷ mình cũng như Hoà thượng Thích Quảng Đức đã tự thiêu là để cảnh cáo những ai chà đạp mọi thứ tự do. Ký tên: Nhất Linh Nguyễn Tường Tam, ngày 7-7-1963.
Ngày 12-7, đại tá Đỗ Cao Trí, em ruột của Dân biểu gia nô Đỗ Cao Minh, được thăng thiếu tướng, và được đặc cử giữ chức Tư lệnh Quân đoàn I thay thế cho tướng Lê Văn Nghiêm bị nghi ngờ thân Phật giáo, để Trí thẳng tay đàn áp cuộc tranh đất ở Huế và miền Trung.
Ngày 23-7, trung tá Trần Thanh Chiêu, một Cần lao công giáo giám đốc nha Dân vệ, điều động 100 dân vệ và thương phế binh đến biểu tình trước chùa Xá Lợi chăng biểu ngữ đòi hỏi "đoàn kết để tránh sự lợi dụng của Việt cộng”.
Ngày 3-8, trong lời hiệu triệu Phụ nữ bán quân sự bà Ngô Đình Nhu lên án những vụ tranh đấu tôn giáo và qua ngày 8-8, để gián tiếp trả lời câu khiển trách “thiếu lễ độ đối với Phật giáo” của thân phụ là Đại sứ Trần Văn Chương trên đài VOA ngày 6-8, bà Nhu nhận là có thiếu lễ độ nhưng cho đó là một thái độ cần thiết. Bà cũng cám ơn ông Đại sứ đã cho bà một dịp để bà tỏ ý kiến(?). Ngày hôm sau, 9-8 bà Nhu lại trả lời cuộc phỏng vấn của tờ New York Times bằng lập trường: "Quyết liệt đối phó với cuộc tranh đấu hiện nay của Phật giáo”.
Theo David Halberstan, sau khi thông cáo chung ra đời, trong một buổi ăn sáng tại dinh Gia Long, bà Nhu đã nặng lời trách móc ông Diệm: "Anh đã đánh tan Bình Xuyên, đánh bại Hoà Hảo, dẹp yên Nhảy dù mà bây giờ anh lại chịu thua mấy tên nhà sư khốn nạn không có một tấc sắt trong tay. Anh là đồ hèn, anh là sứa". Bị bà Nhu nặng lời chỉ trích, ông Diệm chỉ còn biết phân trần với em dâu: "Thím không hiểu rõ vấn đề, vụ Phật giáo còn liên hệ rắc rối với quốc tế, chúng ta sẽ giải quyết".
Không riêng ở Sài gòn ông Nhu đòi "duyệt lại bản thông cáo chung", bà Nhu đòi "đối phó quyết liệt với vụ tranh đấu của Phật giáo”, mà tại Huế, ông Ngô Đình Thục cũng khinh thường cuộc đấu tranh của Phật giáo, coi quyết tâm vùng lên sau bao năm bị áp bức đó chỉ như “một ngọn lửa rơm, bừng lên rồi tắt, có chi mà sợ" (theo "Bên dòng lịch sử" của Cao Văn Luận). Trước dã tâm của anh em nhà Ngô và mặc dù lực lượng an ninh được tăng cường khắp nơi (riêng tại Sài gòn, chính phủ đưa về hai tiểu đoàn Thuỷ quân lục chiến và hai tiểu đoàn Nhảy dù) phong trào đấu tranh càng trở nên kiên cường, toàn diện và mãnh liệt hơn. Tại nhiều tỉnh, các Đại Đức, ni cô tiếp tục tự thiêu, các Phật tử tiếp tục biểu tình, tuyệt thực, các sinh viên y khoa, luật khoa, học sinh các trường Chu Văn An, Trương Vĩnh Ký, Gia long, Trưng Vương... xuống đường hội thảo. Sư bà Diệu Huệ, thân mẫu của Đại sứ Bửu Hội cũng đòi tự thiêu và nữ sinh Mai Tuyết An, 18 tuổi ở Nghị Nghè, sau khi đi chùa về đã cầm dao chặt tay để phản đối lời tuyên bố của bà Nhu. Nhiều đảng viên của các đảng Đại Việt, Việt Quốc, Duy Dân ở Sài gòn và các tỉnh đã tích cực hoạt động yểm trợ cho Phật giáo. Đặc biệt giới trí thức và nhân sĩ dù âm thầm hay công khai đều chống lại nhà Ngô mà điển hình là giáo sư Phạm Biểu Tâm, Khoa trưởng đại học Y khoa, một nhân vật có uy tín lớn lao được giới trí thức và sinh viên rất trọng vọng (đã hai lần được ông Diệm mời làm Bộ trưởng mà vẫn từ chối) và một số giáo sư bị bắt. Linh mục Cao Văn Luận, Viện trưởng Viện Đại học Huế, vì ủng hộ phong trào sinh viên tranh đấu nên cũng bị cắt chức ngày 16-8-1963.
Đến đây thì cuộc tranh đấu đã thật sự có tầm vóc quốc gia. Những phẫn uất câm nín, những đày đoạ nhọc nhằn, những áp bức tàn bạo bị dồn nén từ chín năm nay trên mọi miền đất nước, trong mọi tấm lòng của nhân dân đã nổ bùng lên, kết hợp với phong trào đấu tranh của Phật tứ để trực diện đối phó với một chính quyền lạnh lùng và hiểm độc. Những danh từ mỹ miều của ông Diệm như “lương tri”, như “giải quyết trong tình huynh đệ” đã bị chính ông và tập đoàn Cần lao công giáo do anh em ông lãnh đạo chà đạp xuống đất. Dân cúng vốn đã không tin vào "thành tín" của ông, vốn đã kinh qua trăm đắng ngàn cay do chế độ ông tác hại, thì giờ đây sự công phẫn tích tụ từ lâu chỉ có thể biểu hiện bằng một thái độ mà thôi: Những kẻ bị đàn áp cũng đứng chung một chiến tuyến để chống lại tập đoàn thống trị.
Ngay cả nhà tôi dù suốt đời vẫn quen sống trong nhà thủ phận nuôi chồng nuôi con, một năm chỉ lên chùa vào ngày Tết và lễ Phật Đản, lễ Vu Lan, và dù biết chồng là một cán bộ rường cột của Tổng thống Diệm nhưng trước hành động hung hãn của nhóm " Công giáo Cần lao" khi đối với các nhà tu hành cô thế, cũng đã bí mật gia nhập vào các hoạt động quần chúng để giúp các chùa trong cơn Pháp nạn tại Nha Trang nơi nhà tôi và các con nhỏ đang cư ngụ lúc bấy giờ. Tại thành phố nhỏ này, từ ba tháng nay nhiều chùa đã bị canh phòng theo dõi, riêng chùa Tỉnh Hội, ngôi chùa lớn nhất Khánh Hoà bị cô lập, cúp điện, cúp nước và bị cắt đứt mọi nguồn tiếp tế của Phật tử. Nhiều tăng ni bị đánh đập, trói lại và giam tại quân lao, còn Thầy trụ trì và Thầy Hội trưởng Thích Đức Minh thì bị tra khảo mang thương tích nặng nề. Do đó, một mặt nhà tôi bí mật liên lạc với các nhân sĩ có uy tín tại Nha Trang như gia đình cụ Thượng thư Trí Sĩ Tôn Thất Toại, cụ Phủ Tâm, Huyện Tùng (thân sinh của lãnh tụ sinh viên trường Luật Nguyễn Hữu Doãn), cụ Bùi Liên (thân phụ giáo sư Bùi ái hiện ở Pháp), gia đình cụ Võ Đình Dung, Võ Đình Thuỵ, gia đình bác sĩ Trần Kiêm Phán, gia đình ông Phó Tỉnh trưởng Lê Bá Chân, gia đình Giáo sư Ưng Trung... bí mật lập Uỷ ban cứu đói gần 300 tăng ni và Phật tử đang bị bao vây trong ngôi chùa Tỉnh Hội. Nhà tôi còn tác động tinh thần đại uý Lê An có nhà ở cạnh chùa để dùng làm trạm liên lạc với chùa và để chứa thực phẩm hầu chuyển vào chùa trong đêm khuya.
Mặt khác cùng với một số đông đảo quân nhân Phật tử, nhà tôi tổ chức một cuộc "vượt ngục" cho các nhà sư đang bị giam ở quân lao, đưa thầy Hội trưởng về nhà riêng ẩn trốn để thầy tiếp tục lãnh đạo cuộc đấu tranh cho đến ngày 1-11-63 bùng nổ.
Trong lúc đó thì bề ngoài tôi vẫn hành xử như một Giám đốc nha An ninh quân đội của chế độ nhưng bề trong thì con người cán bộ tiền phong xa xưa của tổ chức Ngô Đình Diệm bắt đầu trỗi dậy để tìm phương thế cứu lấy thầy mình trong cơn hoạn nạn. Nếu con người của chế độ đã chán chường bất mãn thì con người cán bộ lại thao thức băn khoăn vì thương thế duy nhất mà tôi suy nghĩ phải đủ cứng rắn để tỉnh thức ông Diệm dù trong cái liên hệ thắm thiết giữa ông và tôi từ 20 năm qua chỉ có một điểm không tương đồng, đó là niềm tin tôn giáo.
Thật vậy, từ lâu, theo lời trung tá Nguyễn Văn Châu ở cạnh nhà tôi biết ông Diệm thường dò hỏi nếp sống trong gia đình tôi đặc biệt là việc thờ tự. Châu cho ông biết trong nhà tôi có bàn thờ Phật, bàn thờ ông bà rất tôn nghiêm, nhất là vào các dịp tết nhất cúng kỵ rất trang trọng. Trong thư phòng của tôi lại có tượng Đức Khổng Tử tỏ ra tôi là con người nặng lòng với nền Tam Giáo. Ông Diệm đã biết thế mà nhiều đêm thầy trò đàm đạo, có lẽ vì muốn thuyết phục tôi nên ông không ngại ngùng mỉa mai chỉ trích đạo Phật là thứ đạo mê tín dị đoan, còn các nhà sư thì quê mùa dốt nát, chẳng qua vì nghèo đói, không có nghề nghiệp sinh nhai nên mới phải nương thân nơi cửa chùa lo việc gánh nước quét lá để kiếm nắm xôi miếng oản rồi lâu ngày thành ra sư nọ sư kia. Ông lại ca ngợi đạo Thiên Chúa là thứ đạo văn minh khoa học, thứ đạo quốc tế với bảy, tám trăm triệu tín đồ trên khắp thế giới năm châu. Rồi ông khuyến dụ tôi nên theo đạo Chúa. Nghe ông phê phán như vậy, tôi chỉ cười thầm trong bụng, tôi biết ông cũng có đọc Nho, Lão, Phật nhưng ông không thể hiểu cái tinh tuý của đạo Phật, cái triết lý cao thâm của Phật giáo.
Trước hoàn cảnh khó xử đó và trong khi tìm phương cách giải quyết cuộc khủng hoảng, tôi giữ thái độ trung lập, không theo chế độ để phản lại niềm tin nhân bản của mình, mà cũng không theo Phật giáo để phản lại vị thầy cũ. Hơn nữa, dù ông Diệm có nghi ngờ tôi nhưng ông vẫn chưa đối xử với tôi một cách cạn tàu ráo máng như tôi đã đối với tướng Lê Văn Nghiêm, một người bạn thân của tôi. Trái với thái độ đó của ông Diệm, ông Nhu cứ muốn đẩy tôi vào chân tường, dùng độc kế ly gián để cho Phật giáo và đồng bào hiểu lầm tôi.
Lần thứ nhất, ông Nhu điện thoại ra lệnh cho tôi bảo dùng máy viễn liên gọi thẳng tướng Lê Văn Nghiêm, Tư lệnh Quân đoàn I, về Sài gòn trình diện ngay Tổng thống. Về Sài gòn, tổng thống ra lệnh cho ông Nghiêm phải tức khắc giao chức Tư lệnh Quân đoàn I cho tướng Đỗ Cao Trí. Tướng Nghiêm bất mãn bèn đến gặp tôi và tức giận hỏi tôi đã báo cáo những gì làm cho ông ta bị mất chức một cách vô lý, nhục nhã như vậy Lúc đó tôi mới hiểu vì sao ông Nhu không gọi thẳng tướng Nghiêm mà lại ra lệnh cho tôi gọi. Tôi đã hết sức phân trần nhưng có lẽ đã không giải toả được thắc mắc của tướng Nghiêm, cái thắc mắc vì sao Phủ Tổng thống không gọi thẳng cho ông ta, một Thiếu tướng hai sao, vào trình diện mà phải qua Giám đốc An ninh quân đội một đại tá.
Lần thứ nhì, cũng bằng điện thoại, ông Nhu ra lệnh thẳng cho tôi phải bắt giam giáo sư Trần Quang Thuận, một trí thức Phật giáo nổi tiếng chống đối chế độ. Làm như vậy ngoài việc ông Nhu muốn ly gián tôi với hàng ngũ Phật tử và thành phần trí thức, ông còn muốn ném đá giấu tay vì Trần Quang Thuận thuộc con nhà dòng dõi cụ Thân Thần, vốn là bạn thân của cụ Ngô Đình Khả, Thuận lại là cháu rể của ông Tôn Thất Thiết đang giữ chức Giám đốc Sở Nội Dịch Phủ Tổng thống, lần này biết được thủ đoạn của Ngô Đình Nhu và vì muốn giữ thái độ trung lập, tôi cho mời Trần Quang Thuận đến văn phòng cho ông ta biết tôi được lệnh của ông Cố vấn để bắt giam ông ta. Tuy nhiên, tôi chỉ khuyên ông nên hoạt động kín đáo hơn, nhất là bớt những dấu hiệu chống đối nhà Ngô đi, rồi tôi để cho ông ta về ngay mà không giam giữ một giờ phút nào.
Lần thứ ba, qua tướng Trần Thiện Khiêm, Tham mưu trưởng Bộ Tổng tham mưu, ông Nhu trao cho tôi một danh sách gồm độ vài mươi nhân vật trí thức tại Sài gòn, ra lệnh phải bắt giữ và điều tra vì họ có tội hoạt động chống chính phủ. Một lần nữa, tôi biết Ngô Đình Nhu muốn tôi nhúng tay vào tội ác qua việc bắt những nhân vật dân sự không thuộc thẩm quyền của tôi. Dù vậy, vì hệ thống chính quyền còn chặt chẽ nên tôi vẫn phải thi hành lệnh của ông Cố vấn Tổng thống quyền uy tuyệt đỉnh đang điều khiển mặt trận tiêu diệt Phật giáo.
Vì số người định bắt giữ quá đông, tôi chia ra làm nhiều đợt và bắt giữ nhiều nơi. Đối với số nam nữ giáo sư của trường Chu Văn An, Petrus Ký, Trưng Vương, Gia Long, Võ Trường Toán... và một số luật sư, bác sĩ, đích thân tôi mời họ lần lượt đến văn phòng và cho họ biết do lệnh của ông Cố vấn, tôi phải bắt giữ họ. Tôi tha họ về ngay sau khi nói cho họ biết nếu hoạt động không kín đáo thì công an của Dương Văn Hiếu hay lực lượng đặc biệt của Lê Quang Tung sẽ bắt lại và trong trường hợp đó, hậu quả sẽ tàn khốc vô cùng.
Nhìn lại từ đầu biến cố cho đến những ngày đầu tháng 8 năm 1963, lập trường của Phật giáo đồ và chính sách của chính phủ vẫn không có gì thay đổi nếu không muốn nói càng lúc càng quyết liệt hơn. Nghĩa là một bên tranh đấu cho công bằng xã hội mà cụ thể là quyền tự do tín ngưỡng, và một bên là duy trì nguyên trạng đàn áp mà cụ thể là Kỳ thị tôn giáo. Yếu tố mới trong cuộc khủng hoảng là sự xuất hiện của các lực lượng khác của dân tộc, các thành phần khác của xã hội. Từ học đường đến đảng phái, từ văn nghệ sĩ đến nhân công, từ thương gia đến chuyên nghiệp. Hai lực lượng khác rất đáng kể vì vai trò và sức mạnh của nó là Giáo hội Thiên chúa giáo Việt nam và quân lực Việt nam cộng hoà, cho đến giờ phút đó và ít nhất trên mặt chính thức như một tổng thể, vẫn chưa có những xáo động sâu sắc hoặc lập trường công khai nào cả, nghĩa là vẫn đứng về phía chính quyền, mặc dầu trong quân đội không thiếu những sĩ quan hoặc binh sĩ đã âm thầm ủng hộ cuộc đấu tranh của Phật giáo, hay một vài linh mục cũng đã bí mật liên lạc với các Thượng toạ tại Sài gòn.
Chiến thuật vừa đánh vừa đàm của chính quyền đó là để kéo thời gian cho lực lượng siêu chính quyền của Cần lao công giáo chuẩn bị một trận xung kích cuối cùng, một trận phải có máu đổ xương rơi để chấm dứt vĩnh viễn sự hiện diện của Phật giáo không phải chỉ trong biến cố này mà còn cho cả mai sau nữa.
Đêm 20 tháng 8, anh em ông Diệm điều động cảnh sát dã chiến và lực lương đặc biệt tấn công các chùa ở Sài gòn như Xá Lợi, Ấn Quang, Theravada, Giác Minh, Từ Quang... Ở các chùa Huế như Bảo Quốc, Từ Đàm, Linh Quang... và nhiều chùa lớn ở các tỉnh khác. Tại chùa Xá Lợi, đội quân xung phong của chính quyền đập phá bàn thờ, tượng Phật và lấy mất thùng công quả... gây thương tích cho hàng trăm tăng ni. Riêng Hoà thượng Hội chủ Thích Tịnh Khiết thì bị xô té và bị thương nặng ở mắt, tại Sài gòn chúng bắt tất cả hơn 1400 tăng ni, Phật tử, kể cả Thượng toạ Tâm Châu, cụ Mai Thọ Truyền, sư bà Diệu Huệ, Thượng toạ Trí Quang... Cuộc tấn công kinh hoàng đó của chế độ Diệm được một người bạn Mỹ của ông ta là nhà viết sử Buttinger ví von như một cuộc tấn công của đội xung kích Nazi.
Gần 5 giờ sáng ngày 21 tháng 8, Tổng thống Diệm triệu tập khẩn cấp Hội đồng Chính phủ rồi ra tuyên cáo: "Phải hành động quyết liệt và lãnh trách nhiệm trước lịch sử vì có tin Việt cộng sắp tràn ngập Thủ đô, ban hành lệnh giới nghiêm trên toàn lãnh thổ, ra lệnh cho quân đội bảo vệ an ninh trật tự (Sắc lệnh số 84/TTP), tướng Tôn Thất Đính, Tư lệnh Quân đoàn III được cử kiêm Tổng trấn Sài gòn - Gia định có nhiệm vụ thi hành lệnh thiết quân luật. Lệnh giới nghiêm cấm dân chúng đi lại từ 9 giờ đêm đến 5 giờ sáng. Cuộc tấn công chùa chiền bằng võ lực và lời tuyên bố xuyên tạc của Tổng thống Diệm nói rằng Việt cộng sắp tràn ngập thủ đô để biện minh và hợp pháp hoá hành động bất hợp pháp, bất hợp hiến của mình, đã nói lên sự thất bại về chính trị và nhân tâm của chế độ. Ngoài ra phương cách đối phó liều lĩnh của anh em ông Diệm càng tạo thêm những phản ứng vô cùng bất lợi của nhân dân và quốc tế mà phản ứng đầu tiên lại là hành động xuống tóc và từ chức của Bộ trưởng Ngoại giao Vũ Văn Mẫu. Sau cuộc tấn công tàn ác vào các chùa chiền, bắt bớ tăng ni Phật tử và giam giữ một số sinh viên, đồng thời đóng cửa các trường học và phi trường Tán Sơn Nhất, anh em ông Diệm bèn lợi dụng sự giao động của quần chúng để phóng tay phát động những thủ đoạn tàn nhẫn hơn của họ.
Sáng ngày 22-8, ông Nhu kêu gọi Thanh niên cộng hoà phải làm "rạng tỏ chính sách". Đồng thời chính phủ ra thông cáo cho biết đã khám xét và tịch thu được một số khí giới và dụng cụ bất hợp pháp tại chùa Xá Lợi, Ấn Quang, Theravada.
Ngày 24-8, anh em ông Diệm lại tạo ra một bức thư giả mạo của Hoà thượng Thích Tinh Khiết nói rằng Hoà thượng giới thiệu một số Thượng toạ trong Giáo hội Tăng Già Toàn Quốc để trông nom Phật sự, trong lúc thật sự Hoà thượng Tịnh Khiết còn đang bị thương và đang bị giam lỏng tại quân y viện cộng hoà. Họ đã tái diễn một cách trơ trẽn trò viết thư giả mạo như họ đã làm đối với bác sĩ Phan Quang Đán sau vụ Nhảy dù trước đó vài năm.
Ngày 26, họ ép buộc Thượng toạ Thích Thiện Hoà thành lập một Uỷ ban Liên hiệp Bảo vệ Phật giáo thuần tuý gồm toàn các thầy chùa Cổ Sơn Môn để hành xử như các hội "Phật giáo yêu nước" hoặc "Công giáo yêu nước" của Cộng sản sau 1975.
Ngày 27, các đoàn thể tay sai của họ và các Tỉnh Trưởng gởi kiến nghị bày tỏ lòng trung thành và ủng hộ lên Phủ Tổng thống.
Ngày 31 tháng 8, Tổng thống Diệm viếng thăm ngôi chùa Sư Nữ ở Gia định, nhưng cũng đúng giờ đó, họ tổ chức Thanh niên cộng hoà biểu tình ở công trường Lê Lợi để ủng hộ chính phủ.
Ngày 1 tháng 9, có tin đồn ảnh của Tổng thống Diệm bị tháo gỡ ở vài công sở và được thay thế bằng ảnh của Cố vấn Tổng thủ lãnh Thanh niên cộng hoà. Có tin đồn cố vấn Nhu sẽ đảo chính để thi hành một chính sách đanh thép, độc tài hơn. Ngày 10-9, bà Ngô Đình Nhu dẫn một phái đoàn Dân biểu đi dự Hội nghị quốc tế nghị sĩ tại Nam Tư nhưng mục tiêu chính là ghé thăm nhiều nước Âu-Mỹ để giải độc dư luận quốc tế về vấn đề Phật giáo. Theo Đại sứ Cabot Lodge và nhiều ký giả quốc tế thì bà Nhu đã nghi ngờ sự khôn ngoan của Đức Giáo Hoàng Paul VI sau khi Ngài bày tỏ sự bàng hoàng trước sự khủng bố tôn giáo của anh em ông Diệm. Bà Nhu tuyên bố rằng: Đức Giáo Hoàng thật cũng lo âu một cách quá dễ dàng. Là một người Công giáo, tôi chỉ buộc phải tin vào tín điều của tôn giáo tôi và tin vào Đức Giáo Hoàng mà thôi. Đức Giáo Hoàng sẽ không sai lầm khi Ngài tuyên bố về những điều về tôn giáo đặc thù. Tôi không tin rằng Ngài sẽ đứng ở tư thế của mình mà chối bỏ tôi, vì làm như thế quả là Ngài đã làm hại lớn cho đạo Công Lời tuyên bố ngạo mạn này phản ánh hai sự kiện rất đặc thù về bà Nhu mà người anh chồng đang là một vị phẩm số một của Hội Thánh Thiên chúa giáo Việt nam. Thứ nhất là quan điểm về tính xa cách giữa đào và đời xác định sự bất lực của giáo lý Thiên Chúa khi đi vào hiện thực xã hội, nhất là một xã hội tràn đầy khổ đau và áp bức. Thứ hai là dùng một thức "politique de chantage" với vị giáo chủ của Hội Thánh khi bắt Giáo Hoàng phải chọn lựa giữa sự chấp nhận hành động của mình, nếu không thì sẽ "làm hại lớn" cho Thiên chúa giáo.
Điểm đau đớn cho Giáo hội Thiên Chúa giáo Việt nam là sau lời tuyên bố đó của bà Nhu cho toàn thế giới biết, Giáo hội đã không có một lời giải thích nào. Đừng nói đến một lời phản đối!
Ngày 25-8, hàng vạn sinh viên học sinh của thủ đô Sài gòn ào ạt xuống đường biểu tình trước chợ Bến Thành. Cảnh sát dã chiến can thiệp và gây ra xô xát làm cho một số bị thương, riêng nữ sinh Quách Thị Trang cầm biểu ngữ đi đầu bị cảnh sát bắn chết và 1.300 sinh viên bị bắt đưa đến giam tại trại Quang Trung. Đồng thời sinh viên học sinh tại Huế, Đà Nẵng, Nha Trang cũng biểu tình, mít tinh lên án chế độ Diệm. Ngày 7-9, để xoa dịu học sinh, nhà Ngô cho mở cửa lại các trường trung học, nhưng học sinh, nhất là của các trường Chu Văn An, Trưng Vương, Võ Trường Toàn... quyết định phản đối không chịu vào lớp.
Nhiều tăng ni trẻ tuổi tiếp tục tự thiêu như Đại Đức Thích Quảng Hương tự thiêu trước chợ Bến Thành ngày 5-10, Đại Đức Thích Thiện Mỹ, vị sư thứ bảy tự thiêu trước nhà thờ Đức Bà. Và ngày 31 tháng 10, cảnh sát kịp thời ngăn chặn ba vụ tự thiêu trước Quốc hội. Trong khi đó phái đoàn giải độc dư luận quốc tế cũng gặp những phản ứng bất lợi. Bà Ngô Đình Nhu và Dân biểu Hà Như Chi đến La mã ngày 25-9 bị một số người Việt đón đường phản đối, đến Paris bị đông đảo Việt Kiều và sinh viên Việt nam biểu tình đả đảo, ném trứng thúi và cà chua; đến Washington không được thân phụ là đại sứ Trần Văn Chương cho gặp và không được Tổng thống Kennedy tiếp kiến. Bà đã họp báo phản đối người Mỹ và phân trần chế độ gia đình trị của bà không hề đàn áp Phật giáo mà không nhớ rằng đã nhiều lần bà tuyên bố với phóng viên đài VOA và New York Times là "phải quyết liệt đập tan phong trào Phật giáo", khiến buổi họp trở thành một buổi đối chất căng thẳng..
Giám mục Ngô Đình Thục bị Toà thánh bắt rời khỏi Việt nam; có tin đồn khi tới La mã ông không được phép bệ kiến Giáo Hoàng và theo William thì ông bị Toà thánh cấm không được tuyên bố những lời khiêu khích và mâu thuẫn chống đối Phật giáo.
Ngày 17-10, một số ký giả ngoại quốc bị công an bành hung vì chụp ảnh các vụ cảnh sát đàn áp sinh viên và các vụ xô xát với tăng ni trên đường Sài gòn. Cùng ngày này, cựu Đại sứ Trần Văn Chương lên tiếng tại Washington công kích kịch liệt chính sách của Tổng thống Diệm.
Sau nhiều phiên họp, hội viên các quốc gia trong tổ chức Liên hiệp quốc quyết định gửi một phái đoàn đến Việt nam để điều tra. Ngày 24-9-1963, tuy đại sứ Bửu Hội đại diện chính quyền Ngô Đình Diệm phản đối quyết định đó, nhưng cuối cùng đành phải chấp nhận cuộc điều tra của phái đoàn Liên hiệp quốc. Chấp nhận không chỉ vì áp lực quốc tế mà còn vì Ngô Đình Nhu đã nuôi sẵn thủ đoạn đánh lừa và mua chuộc nhân viên phái đoàn LHQ. Trong những mưa mô của Ngô Đình Nhu thì thủ đoạn dơ bẩn nhất là tổ chức cho nhân viên phái đoàn chăn gối với gái điếm để rồi chụp hình làm "chantage". Nghĩa là nhân viên nào không chịu bênh vực lập trường của nhà Ngô thì Ngô Đình Nhu sẽ đưa những tấm hình kia ra trước công luận để bôi nhọ nhân viên ấy, đồng thời làm mất uy tín của quốc gia của nhân viên đó. Những tấm hình này đã bị Thuỷ quân lục chiến tịch thu được tại phòng giấy của Ngô Đình Nhu trong dinh Gia Long ngày 2-11-1963. (Năm 1976, trung tá cảnh sát tên Hoàng, người phụ lễ cho Linh mục Nguyễn Văn Vi tại Saramento, California, cùng với Thiếu tướng Nguyễn Văn Chức nhân đến thăm tôi đã thú nhận chính ông Nhu chủ trương dùng thủ đoạn “chantage” các nhân viên phái đoàn LHQ như vừa nói trên vì biết rằng đa số nhân viên phái đoàn đã thu lượm được nhiều tài liệu rõ ràng chứng minh Phật giáo bị chế độ Diệm kỳ thị, đàn áp, khủng bố. Trung tá Hoàng là một "Công giáo Cần lao", từng chỉ huy trại giam bí mật P.42 ở Sở Thú. Cũng vì thủ đoạn trên đây mà ông Đoàn Thêm mới ghi vào tác phẩm của ông rằng: "Phái đoàn Liên hiệp quốc đã được chính phủ Diệm tiếp đãi chu đáo và chiều chuộng đặc biệt bằng đủ mọi cách”.
Ngày phái đoàn điều tra của LHQ ra Huế, chính quyền địa phương đã tìm đủ mọi thủ đoạn để ngăn cản phái đoàn không tiếp xúc được với đồng bào Phật tử để tìm hiểu sự thật. Trong dịp này, nữ sinh ái Khanh của trường nữ trung học Đồng Khánh và cũng là đoàn viên trong phong trào đấu tranh sinh viên học sinh đã âm thầm lên lầu ba của trường Đồng Khánh để nhảy xuống đất hy sinh thân mạng hầu tạo tiếng vang cho phái đoàn lưu ý. Ái Khanh chỉ bị gãy xương chân và chấn động nội tạng nhưng hành động can trường của người nữ sinh yếu đuối này đã vạch trần được bộ mặt tàn độc của chế độ trước phái đoàn LHQ.
Cuộc tấn công chùa chiền đêm 20-8 của chính quyền đã làm tê liệt các cơ cấu lãnh đạo và khả năng tổ chức của Phật giáo nhưng lại nhờ thế mà Phật giáo đốt được ngọn lửa tỉnh thức trong lòng đại khối quần chúng. Những chiến dịch khủng bố và đàn áp dã man nhằm vào giới tăng sĩ lãnh đạo đã làm cho các tăng sĩ Phật giáo trở thành biểu tượng tiền phong hơn là thành viên lãnh đạo của phong trào tranh đấu. Trong số những tăng sĩ lãnh đạo cuộc đấu tranh chống chế độ Diệm, Thượng toạ Thích Trí Quang là nhân vật bị anh em nhà Ngô đánh giá là nguy hiểm hơn cả Năm 1963, Ngô Đình Nhu đã nói với ký giả Jerrold Scheeter rằng: "Năm 1961 Trí Quang thuyết phục em tôi là Ngô Đình Cẩn chi tiền cho Trí Quang xây dựng một cơ cấu chống Cộng trong Giáo hội Phật giáo vì Cộng sản đã xâm nhập vào Giáo hội. Cẩn bằng lòng giúp Trí Quang và sự giúp đỡ đó đã thành yếu tố làm cho em tôi suy sụp, Trí Quang là người thủ đoạn nhất và đã có âm mưu lật đổ chính phủ từ lâu rồi. Có lẽ trong tương lai chưa biết khi nào tên tuổi của Trí Quang sẽ đồng nghĩa với âm mưu”.
Đêm 20 tháng 8 khi chùa Xá Lợi bị tấn công, Thượng toạ Trí Quang cũng ở trong số tăng ni bị bắt giải đi nhưng nhờ ông khéo cải trang lẫn lộn vào đám tăng ni Phật tử cho nên mặc dù công an mật vụ dày công tìm kiếm, phân cách, chọn lựa mà ông vẫn không bị bắt giải về trại giam Võ Tánh như trường hợp Thượng toạ Tâm Châu, Thiện Minh v.v... hay cư sĩ Mai Thọ Truyền. Tình cảnh của Phật giáo đồ Việt nam lúc bấy giờ là tình cảnh chim ông cá chậu, riêng đối với Thượng toạ Trí Quang quê hương mênh mông mà ông không có đất dung thân. Hai ngày sau ông trốn được vào Toà đại sứ Mỹ, chủ trương của ông là ẩn nấp vào nhà người Cha khi ông bị người con đánh đuổi để dùng cái uy của người Cha mà kiềm chế đứa con hung hăng. Cùng trốn với ông có Đại Đức Tính Nhật Thiện, một nhà sư trẻ biết nói tiếng Anh thành thạo. Theo Đại sứ Cabot Lodge thì trong thời gian Thượng toạ ở trong Toà đại sứ, ông rất ít nói, nhiều khi đã làm cho Đại sứ phải bực mình. Một nhân viên Toà đại sứ giải thích rằng những nhà sư Việt nam thường có thái độ “nói không hết lời”. Họ nhận họ là người Việt nam trước đã rồi mới là nhà sư. Họ có những đức tính và cả những khuyết điểm, những khuyết điểm do dân tộc tính gây nên, không phải do đạo Phật, vì thế cho nên họ tự cho họ trước khi nhà sư họ là người Việt, thứ người Việt yêu thương gia đình và yêu thương phần đất quê hương mình trước hết.
Trong lúc đó thì chính quyền Kennedy dựa vào bản phúc trình của tình báo Mỹ, biết Phật giáo không phải là Cộng sản nên đã cố gắng khuyến cáo Tổng thống Diệm nên thoả hiệp với Phật giáo để công cuộc chống Cộng khỏi bị ngừng trệ nếu không thì miền Nam sẽ vó cùng bất ổn. Tờ trình của tình báo Mỹ ngày 10 tháng 7 năm 1963 đã nghiên cứu và phân tách rõ ràng qua ba nhận định chiến lược sau đây:
A- Biến cố Phật giáo tại Việt nam đã làm nổi bật và gia tăng nỗi bất mãn lâu dài và sâu rộng của dân chúng đối với ông Diệm và cung cách cai trị của ông ta. Nếu ông Diệm không chịu thành thực và mau chóng giải quyết vụ Phật giáo thì tình hình trở nên vô cùng bất ổn, một cuộc ám sát hoặc một cuộc đảo chính sẽ có thể xảy ra dễ dàng hơn bao giờ hết.
B- Vì biến cố Phật giáo mà chính phủ Diệm đã làm cho sự hiện diện và sự tham chiến của Mỹ tại miền Nam Việt nam mất chính nghĩa. Tình trạng này buộc Hoa kỳ phải giảm bớt mức độ hiện diện tại miền Nam trong tương lai.
C- Rõ ràng cho đến bây giờ Phật giáo chưa bị Cộng sản lợi dụng và khai thác và biến cố Phật giáo chưa có một hậu quả nào có lợi cho hoạt động phiến loạn của “Mặt trận Giải Phóng Miền Nam”. Chúng tôi không tin rằng ông Diệm sẽ bị lật đổ bởi Cộng sản. Và chúng tôi cũng không tin rằng Cộng sản cần lợi dụng biến cố Phật giáo nếu ông Diệm bị lật đổ bởi những phần tử đối lập không Cộng sản... Một chế độ không Cộng sản nối tiếp chế độ Diệm lúc đầu sẽ thiếu hiệu năng chống Cộng nhưng nếu được Hoa kỳ tiếp tục ủng hộ và xây dựng một sự lãnh đạo có khá năng thì có thể có một chính phủ tốt.